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- - Holos, Editora - - Métodos de Análise Filogenética - Um Guia Prático 3ª Edição

Autor: Horacio Schneider
Páginas: 200
Formato: 16,5 x 22,5
Ano: 2007
ISBN 8586699597

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INTRODUÇÃO

Nas últimas décadas, o crescimento da literatura científica utilizando métodos de análise filogenética tem sido admirável. Inicialmente usada para elucidar relações hierárquicas (Classificação e Taxonomia), a filogenética se expandiu, sendo usada hoje com inúmeros objetivos: criar novos grupos taxonômicos; reconstruir filogenias de organismos com representantes de diferentes áreas geográficas, visando detectar correlação com eventos vicariantes; buscar relações de ramificação com áreas de endemismo (Biogeografia histórica); investigar a evolução de espécies que interagem entre si, tais como hospedeiros e parasitas ou simbiontes, co-evolução de insetos e plantas; estudar evolução de caracteres em si mesmo, compreender melhor a dinâmica de populações etc.

Esse crescimento é sem dúvida decorrente da coevolução entre microcomputadores e programas de análise filogenética, cada vez mais complexos. Contudo, esse aumento na complexidade dos métodos, na variedade de programas disponíveis na rede mundial, assim como a necessidade de utilização de diferentes sistemas operacionais, aumentou enormemente a dificuldade de seu uso por usuários menos familiarizados com microcomputadores e sistemas operacionais.

Esse livro tem por objetivo apresentar ao usuário interessado em análise filogenética as metodologias e os programas mais modernos e mais utilizados na literatura científica da área, de uma forma simples e objetiva.

Para os interessados em um aprofundamento nas teorias filogenéticas, sugerimos algumas leituras, como o livro Phylogenetic Systematics, de Hennig (1966), Phylogeny, Ecology, and Behavior, de Brooks & Mclennan (1991), o livro em português de Amorim (2002), Fundamentos de Sistemática Filogenética, e o livro de Wiley et al. (1991), que pode ser encontrado no formato PDF no sítio http://www.amnh.org/pd.fish_2/pdf/compleat_cladist.pdf.

Aspectos teóricos da evolução molecular e análise filogenética são abordados em profundidade por Wen Hsiung Li, em seu livro Molecular Evolution (Li, 1997), Nei & Kumar (2000) em Molecular Phylogeny and Evolution, e por Felsenstein (2004), em sua obra Inferring Phylogenies.

Conteúdo:

SUMÁRIO

PREFÁCIO 13
1 INTRODUÇÃO
2 MANIPULAÇÃO DE SEQÜÊNCIAS
2.1 CONSIDERAÇÕES GERAIS
2.2 BIOEDIT
2.3 CLUSTALW
3 FORMATO NEXUS 24
3.1 CONSIDERAÇÕES GERAIS
3.2 FORMATO DE ENTRADA
3.3 MODOS DE CONVERSÃO PARA O FORMATO NEXUS
4 QUALIDADE DOS DADOS
4.1 CONSIDERAÇÕES GERAIS
4.2 VERIFICAÇÃO DE SATURAÇÃO
4.3 VERIFICAÇÃO DO SINAL FILOGENÉTICO
5 MODELOS DE SUBSTITUIÇÃO NUCLEOTÍDICA
5.1 CONSIDERAÇÕES GERAIS
5.2 ESCOLHA DO MODELO APROPRIADO
6 MÉTODOS DE CONSTRUÇÃO DE ÁRVORES FILOGENÉTICAS
6.1 CONSIDERAÇÕES GERAIS
6.2 MÉTODOS BASEADOS EM DISTÂNCIAS
6.3 MÉTODOS BASEADOS EM CARÁTER
6.4 MÉTODOS DE BUSCA DE ÁRVORES
7 USANDO PAUP* PARA RECONSTRUÇÃO FILOGENÉTICA
7.1 CONSIDERAÇÕES GERAIS
7.2 EVOLUÇÃO MÍNIMA (ME), QUADRADOS MÍNIMOS (LS) E AGRUPAMENTO DE VIZINHOS (NJ) 7.3 MÁXIMA PARCIMÔNIA
7.4 MÁXIMA VEROSSIMILHANÇA (ML)
7.5 OUTROS USOS DO PAUP*
8 USANDO ANÁLISE BAYESIANA PARA RECONSTRUÇÃO FILOGENÉTICA
8.1 PARÂMETROS DO PROGRAMA MRBAYES
8.2 COMANDOS DE CONFIGURAÇÃO DAS CADEIAS MARKOVIANAS
8.3 MRBAYES EM SERVIDOR DA REDE
9 MEDIDAS DE APOIO ESTATÍSTICO
9.1 MEDIDAS DA CONFIABILIDADE – TESTES DE MONOFILIA
9.2 TESTES PARA COMPARAÇÃO DE DUAS OU MAIS TOPOLOGIAS
10 PHYLIP (PHYLOGENETIC INFERENCE PACKAGE)
10.1 CONSIDERAÇÕES GERAIS
10.2 MÁXIMA PARCIMÔNIA
10.3 EVOLUÇÃO MÍNIMA (ME), QUADRADOS MÍNIMOS (LS) E AGRUPAMENTO DE VIZINHOS (NJ)
10.4 MÁXIMA VEROSSIMILHANÇA
10.5 MEDIDAS DE SUPORTE (BOOTSTRAP)
10.6 PHYLIP NA INTERNET
11 PHYML
11.1 CONSIDERACOES GERAIS
11.2 ARQUIVO DE ENTRADA DE DADOS
11.3 USANDO PHYML
11.4 COMO RODAR O ML-SIMPLES USANDO O ARQUIVO EM BATCH
11.5 COMO RODAR ML-BOOTSTRAP USANDO O ARQUIVO EM BATCH
11.6 PHYML NA INTERNET
12 OUTROS TESTES
12.1 TESTE DO RELÓGIO MOLECULAR E ESTIMATIVA DOS TEMPOS DE DIVERGÊNCIA
12.2 TESTE DE HOMOGENEIDADE DE PARTIÇÃO (THP)
13 EXEMPLOS DE BLOCOS DE COMANDOS PARA PAUP
13.1 EVOLUÇÃO MÍNIMA E AGRUPAMENTO DE VIZINHOS
13.2 ANÁLISE DE MÁXIMA PARCIMÔNIA
13.3 ANÁLISE DE MÁXIMA VEROSSIMILHANÇA
13.4 SUPERBLOCO PARA ANÁLISE FILOGENÉTICA
14 GLOSSÁRIO
REFERÊNCIAS
ÍNDICE

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